Trasferitisi alle Botteghe Oscure, Padre Camillo e Compagni cominciarono a frequentare quotidianamente l‘Ospedale S. Spirito in Saxia. Questo diventerà la palestra della sua Nova Caritatis Schola, come la definirà Papa Benedetto XIV nella Bolla di Canonizzazione Misericordiae Studium il 29 giugno 1746.
Un’evento importante è la notte di Natale del 1598 resa memorabile da una delle alluvioni del Tevere tra le più gravi e disastrose. In quella notte, Camillo non fece altro che salvare i poveri infermi portandosene sulle spalle dal Tevere all’ospedale S. Spirito.
Per S. Camillo il Santo Spirito era un giardino:
“Quando andava all‘Hospidale, ancorche in quello non sentisse, né ritrovasse altro che puzza, e miseria, nondimeno à lui pareva d‘andare in un delitioso, e fiorito giardino. Nel qual proposito incontrandosi una volta con Bartolomeo Croce, medico e benefattore della Religione, et essendo da quello addimandato dove andasse à quell‘hora, per esser molto tardi; gli fu risposto da Camillo ch‘andava à spasso ad un bellissimo giardino tutto pieno di fiori, e frutti, che stava vicino al Castel Sant‘Angelo. Del che restando non poco ammirato quel gentil‘huomo, per non saper ch‘in detto luogo vi fosse cosi bel giardino; allhora Camillo mezo sorridendo gli disse, che quel giardino era l‘Hospidale di Santo Spirito, restando sommamente edificato quel benefattore. Una altra volta addimandato da un Padre de‘ nostri come se la passasse bene nell‘Hospidale, egli quasi maravigliandosi di ciò rispose; E come non posso star bene nell‘Hospidale, stando nel Paradiso terrestre, con speranza, e caparra d‘haver anco il celeste?”